三坐标数控深孔钻床通常使用许多气动元件，因此应在设备上连接一个清洁干燥的压缩空气供应系统网络。流量和压力应符合要求。空气压缩机应安装在远离三坐标数控深孔钻床的地方。根据厂内布置和用气量，压缩空气供应系统管网应考虑在煤机、空气过滤器、储气罐、安全阀等设备中安装冷冻空气。
三坐标数控深孔钻床一般有恒温环境的要求。只有在恒温条件下，才能保证机床的精度和加工程度。普通数控机床对室温没有具体要求，但大量实践表明，当室温过高时，数控系统的故障率大大增加。
潮湿的环境会降低三坐标数控深孔钻床的可靠性，尤其是强酸性气体的潮湿环境，会导致印刷电路板和连接器生锈，机床的电气故障也会增加。因此，南方部分用户在夏季和雨季要采取措施对数控机床的环境进行除湿。